Hari kemerdekaan merupakan hari sakral yang sudah sepatutnya untuk diperingati sebagai bentuk rasa syukur. Setiap tanggal 17 Agustus Yayasa Al-Amin selalu merayakan hari kemerdekaan tersebut dengan mengadakan upacara bendera yang melibatkan seluruh keluarga besar Yayasan Al-Amin. Petugas upacara yang merupakan peserta didik Al-Amin sudah dilatih sedemikian rupa, sehingga upacara bendera dapat berjalan dengan sangat baik.
Upacara bendera di hari kemerdekaan sejatinya tidak hanya formalitas saja, melainkan menjadi sebuah moment yang patut dilaksanakan dengan sepenuh hati. Apalagi mengingat bahwa pendiri Yayasan Al-Amin, yaitu Kyai Amin juga merupakan salah satu pejuang kemerdekaan pada masa penjajahan dulu. Sehingga melalui upacara bendera seluruh peserta dapat sejenak merenung, bersyukur, juga mengirimkan do’a bagi seluruh pejuang kemerdekaan, yang mana hasil kerja keras dan keberanian mereka merebut kembali kemerdekaan Indonesia dari tangan penjajah dapat kita nikmati sampai sekarang. Dan tugas kita sebagai lembaga pendidikan adalah bagaimana mencetak generasi penerus bangsa yang tidak pernah lupa akan jasa para pahlawannya, memiliki rasa cinta pada tanah airnya, juga menjadi orang yang berguna bagi bangsa dan negara.